Il 63° Battaglione di Fanteria fu creato alla fine del XVIII secolo, inizialmente con il nome di 3° Reggimento di Fanteria di Rio de Janeiro. Nel corso della sua esistenza ebbe diversi nomi, ma fu solo nel 1919 che ricevette il nome di 14° Battaglione di Cacciatori e fu definitivamente trasferito a Florianópolis. Il luogo scelto per la sua sede è stata la regione che anticamente si chiamava Campo do Manejo e che attualmente è occupata dall'Istituto di Educazione. Il nome “Campo do Manejo” è nato proprio perché il campo che esisteva in quella regione veniva utilizzato per gestire – addestrare o esercitare – le truppe.
Il 25 settembre 1936, l'allora 14° Battaglione Cacciatori andò ad occupare, nell'attuale quartiere Estreito, un'area in parte donata dallo Stato e in parte acquisita da terzi. Tuttavia, fu solo il 14 novembre 1972, trentasei anni dopo, che ricevette l'attuale designazione di 63° battaglione di fanteria.
Tra le tante missioni onorevoli, spicca la partecipazione di tre gruppi di militari che facevano parte del Corpo di Spedizione Brasiliano (FEB) che combatterono in Italia.
Nel 1986 ha ricevuto l'onore di avere il Cel. Fernando Machado de Souza, personaggio di Desterro che combatté coraggiosamente e morì il 06 dicembre 1868, durante la battaglia di Itororó, nella guerra del Paraguay.