Figlio di un marinaio, nato il 6 gennaio 1863 nella parrocchia di São Francisco de Paula de Canasvieiras, a nord dell'isola di Santa Catarina, Virgílio Várzea visse a Desterro fino all'età di tredici anni, quando fu mandato alla Scuola Navale di Rio de Janiero.
Nel 1881 tornò a Desterro e, da allora, ricoprì diversi incarichi pubblici, essendo stato Pubblico Ministero a São José e Segretario della Capitaneria di Porti e Professore a Florianópolis.
Insieme a Cruz e Sousa, ha curato il libro Tropos e Fantasias e i giornali “Colombo” e “Tribuna Popular”, quest'ultimo incentrato sulla campagna abolizionista. Nel campo dell'attivismo politico, guidarono, dal 1883 al 1887, la "Guerrilha Literária Catarinense", un movimento contro il conservatorismo romantico, che cercò di attuare la "Nuova Idea", cioè il rinnovamento estetico del Realismo-Naturalismo.
Nel 1892 fu eletto Deputato, ma alla fine del suo mandato si trasferì a Rio de Janeiro, dove visse fino alla sua morte, avvenuta il 29 dicembre 1941.
Tra i numerosi contributi letterari lasciati da Virgílio Várzea, spicca l'opera Santa Catarina: A Ilha, che fino ad oggi è considerata una preziosa fonte di informazioni storiche sugli usi e costumi degli isolani e le località dell'isola di Santa Catarina. .